Pulau-pulau utama Jepang Honshu dan Kyushu dilayani oleh jaringan jalur kereta api kecepatan tinggi yang menghubungkan Tokyo dengan sebagian besar kota-kota utama negara. Kereta api berkecepatan tinggi di Jepang (kereta peluru) disebut shinkansen (新 干线) dan dioperasikan oleh Japan Railways (JR).
Jaringan shinkansen terdiri dari beberapa baris, di antaranya Shinkansen Tokaido (Tokyo - Nagoya - Kyoto - Osaka) adalah yang tertua dan paling populer. Semua lini shinkansen (kecuali Akita dan Yamagata Shinkansen) berjalan di trek yang eksklusif dibangun untuk dan digunakan oleh kereta shinkansen. Baris paling dilayani oleh kereta beberapa kategori, mulai dari kategori tercepat yang berhenti hanya di stasiun besar untuk kategori paling lambat yang berhenti di setiap stasiun sepanjang jalan.
Kebanyakan kereta shinkansen menawarkan baik non-reserved kursi (自由 席, jiyūseki) dan jatah kursi (指定 席, shiteiseki) di mobil terpisah. Hanya kereta Hayabusa, Hayate dan Komachi sepanjang Shinkansen Tohoku sepenuhnya milik dan membawa tidak ada tempat duduk non-reserved. Semua kursi di Mobil Hijau dicadangkan. Tanda-tanda Bilingual menunjukkan apakah mobil shinkansen membawa jatah kursi atau non-reserved.