Namun pengujian secara molekular menunjukkan bahwa kelompok-kelompok paku tersebut mempunyai banyak perbedaan atau berkerabat jauh, sehingga setiap kelompok kemudian dimasukkan dalam divisi yang berbeda. Tumbuhan paku dapat dikelompokkan sebagai berikut.
- Divisi Psilophyta, merupakan kelompok paku yang paling primitif, yaitu belum mempunyai struktur akar (berupa rizoma) dan sebagian besar belum mempunyai daun. Sporangium terletak di ketiak daun. Contohnya adalah Psilotum nudum.
- Divisi Lycopodophyta, mempunyai daun kecil-kecil atau berbentuk jarum atau sisik. Batangnya seperti kawat yang bercabang-cabang. Contohnya Lycopodium clavatum yang digunakan sebagai obat-obatan, Lycopodium cernuum yang digunakan sebagai karangan bunga, dan Selaginella.
- Divisi Equisetophyta, hidup di pegunungan atau rawa-rawa. Mempunyai rhizoma yang menjalar. Batangnya mengandung zat kersik yang dapat digunakan sebagai penggosok logam. Daunnya menyerupai jarum dan tersusun dalam suatu lingkaran. Contohnya adalah rumput betung (Equisetum debile).
- Divisi Pteridophyta, Pteridophyta dianggap paku sejati atau paku benar. Ada yang hidup di darat dan ada pula yang hidup di air. Bentuk daun lebar, kedudukan daun menyirip, dan tulang daunnya jelas terlihat. Daun muda menggulung dan sorus terletak di bawah permukaan daun. Contohnya adalah paku pohon (Cyanthea) paku tanduk rusa (Platycerium bifurcatum), suplir (Adiantum cuneatum), semanggi (Marsilea crenata), dan paku air (Azolla pinnata).
